内閣は、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成４年法律第14号）の一部の施行に伴い、並びに租税特別措置法（昭和32年法律第26号）の規定に基づき、及び同法を実施するため、この政令を制定する。
第５条の３第４項に次の１号を加える。
11．特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法（平成４年法律第44号）第２条第１項第６号に掲げる者が同法第７条第４項の承認を受けた同条第１項に規定する進出計画に係る負担金で同条第３項に規定する賦課の基準に基づいて賦課されるもの又は同法第９条第１項に規定する商工組合等が同条第４項の承認を受けた同条第１項に規定する円滑化計画に係る負担金で同条第３項に規定する賦課の基準に基づいて賦課されるもの
第５条の６第１項中
「第８項及び第10項」を「第９項及び第11項」に改め、
同条第20項を同条第21項とし、
同条第19項中
「第14項第１号及び第17項」を「第15項第１号及び第18項」に改め、
同項を同条第20項とし、
同条第18項第２号中
「第14項第１号」を「第15項第１号」に改め、
同項を同条第19項とし、
同条第17項中
「第14項第１号イ」を「第15項第１号イ」に、
「第15項」を「第16項」に改め、
同項を同条第18項とし、
同条第16項第２号中
「第13項各号」を「第14項各号」に改め、
同項を同条第17項とし、
同条第15項を同条第16項とし、
同条第14項第１号中
「第17項及び第18項」を「第18項及び第19項」に改め、
同項を同条第15項とし、
同条第６項から第13項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第５項の次に次の１項を加える。
６ 法第10条の４第１項第４号に規定する政令で定めるものは、同号に規定する承認進出計画に係る特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法第７条第１項に規定する活性化促進地域（以下この項において「活性化促進地域」という。）において特定業種（製造業のうち当該活性化促進地域において工業出荷額が減少している業種で通商産業大臣が指定したものをいう。）に属する事業を当該指定が行われた日に営んでいた個人で、同日から当該承認進出計画に係る同条第４項の承認を受けた日まで引き続き当該事業を営んでいたものとする。
第５条の８第１項中
「第１号」を「第１号の上欄」に改め、
同条第２項中
「第１号に規定する既存の機械その他の減価償却資産に代えて設置をするものとして」を「第１号の中欄に規定する」に改め、
同条第10項中
「第３項から第５項まで若しくは第７項」を「第４項から第６項まで若しくは第８項」に、
「第８項」を「第９項」に改め、
同項を同条第11項とし、
同条第９項中
「第６項」を「第７項」に改め、
同項を同条第10項とし、
同条第３項から第８項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第２項の次に次の１項を加える。
３ 法第11条第１項の表の第１号の下欄に規定する政令で定めるものは、産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律（平成４年法律第62号）第９条第１項に規定する認定計画に係る同法第２条第２項第１号に掲げる施設に含まれる機械その他の減価償却資産とする。
第７条第８項に次の１号を加える。
3．地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律（平成４年法律第76号）第８条第１項に規定する承認基本計画において定められた同法第６条第２項第２号の拠点地区のうち最近の国勢調査の結果による人口集中地区の区域（前号に掲げる区域に該当する区域を除く。）
第18条の３第３項中
「第28条の２第１項第４号」を「第28条の２第１項第５号」に改め、
同項に次の２号を加える。
18．産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律第16条第１項に規定する振興財団が行う同法第17条第１号から第８号までに掲げる業務
19．産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律第２条第３項に規定する特定周辺整備地区の施設整備に関する業務
第18条の３第４項中
「第28条の２第１項第４号」を「第28条の２第１項第５号」に改める。
第18条の５第９項第１号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改める。
第20条の２第２項第１号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改め、
同条第７項第１号中
「第25条第18項及び第20項」を「第25条第19項及び第21項」に改める。
第22条第７項中
「第21条第１項」の下に「又は地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律第28条第１項」を加え、
「（同法」を「（大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法」に改める。
第22条の８第11項第２号中
「次号」を「第４号」に改め、
同項第３号を同項第４号とし、
同項第２号の次に次の１号を加える。
3．廃棄物の処理及び清掃に関する法律第２条第４項に規定する産業廃棄物の広域的な処理が必要であると認められる地域における当該産業廃棄物の広域的かつ適正な処理を図るために設置される環境事業団法（昭和40年法律第95号）第18条第１項第４号に規定する最終処分場又は同号に規定する政令で定める施設
第22条の８第12項第３号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改める。
第25条第５項及び第６項中
「第15号」を「第16号」に改め、
「第10号」の下に「又は第11号」を加え、
同条第13項第５号中
「公害防止事業団が、公害防止事業団法（昭和40年法律第95号）」を「環境事業団が、環境事業団法」に改め、
同条第34項中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項を同条第35項とし、
同条第25項から第33項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第24項中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項を同条第25項とし、
同条第23項中
「第15号」を「第16号」に改め、
同項を同条第24項とし、
同条第22項中
「第15号」を「第16号」に改め、
同項を同条第23項とし、
同条第21項中
「第15号」を「第16号」に改め、
同項を同条第22項とし、
同条第20項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項を同条第21項とし、
同条第19項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項を同条第20項とし、
同条第18項中
「第12号」を「第13号」に改め、
同項を同条第19項とし、
同条第17項中
「第11号」を「第12号」に改め、
同項を同条第18項とし、
同条第16項中
「第11号」を「第12号」に改め、
同項を同条第17項とし、
同条第15項の次に次の１項を加える。
16 法第37条第１項の表の第11号の上欄のイに規定する政令で定める事務所又は研究所の移転は、同欄のイに規定する過度集積地域内の事務所又は研究所の全部又は一部の廃止に伴う事務所又は研究所（当該廃止した事務所又は研究所と同規模のものとして大蔵省令で定めるものに限る。）の同欄のイに規定する拠点地区内における新設又は増設とし、同欄のロに規定する公共の用途に供されるための土地等の譲渡として政令で定める土地等の譲渡は、前項各号に掲げる土地等の譲渡とする。
第25条の４第17項第１号中
「又は当該土地等の取得に伴い取得（建設を含む。）をされる建物、構築物若しくは機械及び装置で当該土地等において事業の用に供されるもの」を削り、
同項第２号中
「減価償却資産（前号に掲げる減価償却資産を除く。）」を「建物（その附属設備を含む。）、構築物又は機械及び装置」に改める。
第25条の19第７項中
「第18号」を「第19号」に改める。
第27条の４第２項に次の１号を加える。
11．特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法第２条第１項第６号に掲げる者が同法第７条第４項の承認を受けた同条第１項に規定する進出計画に係る負担金で同条第３項に規定する賦課の基準に基づいて賦課されるもの又は同法第９条第１項に規定する商工組合等が同条第４項の承認を受けた同条第１項に規定する円滑化計画に係る負担金で同条第３項に規定する賦課の基準に基づいて賦課されるもの
第27条の７第１項中
「第６項及び第７項」を「第７項及び第８項」に改め、
同条第16項を同条第17項とし、
同条第15項を同条第16項とし、
同条第14項を同条第15項とし、
同条第13項中
「第10項」を「第11項」に改め、
同項を同条第14項とし、
同条第12項中
「第10項」を「第11項」に改め、
同項を同条第13項とし、
同条第11項を同条第12項とし、
同条第10項中
「第13項」を「第14項」に改め、
同項を同条第11項とし、
同条第６項から第９項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第５項の次に次の１項を加える。
６ 法第42条の７第１項第４号に規定する政令で定めるものは、同号に規定する承認進出計画に係る特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法第７条第１項に規定する活性化促進地域（以下この項において「活性化促進地域」という。）において特定業種（製造業のうち当該活性化促進地域において工業出荷額が減少している業種で通商産業大臣が指定したものをいう。）に属する事業を当該指定が行われた日に営んでいた法人で、同日から当該承認進出計画に係る同条第４項の承認を受けた日まで引き続き当該事業を営んでいたものとする。
第28条第１項中
「第１号」を「第１号の上欄」に改め、
同条第２項中
「第１号に規定する既存の機械その他の減価償却資産に代えて設置をするものとして」を「第１号の中欄に規定する」に改め、
同条第11項中
「第３項から第５項まで若しくは第７項」を「第４項から第６項まで若しくは第８項」に、
「第９項」を「第10項」に改め、
同項を同条第12項とし、
同条第10項中
「第６項」を「第７項」に改め、
同項を同条第11項とし、
同条第３項から第９項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第２項の次に次の１項を加える。
３ 法第43条第１項の表の第１号の下欄に規定する政令で定めるものは、産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律第９条第１項に規定する認定計画に係る同法第２条第２項第１号に掲げる施設に含まれる機械その他の減価償却資産とする。
第28条の12に次の１項を加える。
９ 法第44条の８第１項の表の第８号の中欄に規定する政令で定める建物及びその附属設備は、同欄に規定する認定計画に従つて取得し、又は建設した流通業務（中小企業流通業務効率化促進法（平成４年法律第65号）第２条第３項に規定する流通業務のうち集貨、保管、流通加工（同項に規定する流通加工をいう。）、仕分又は配送に係る業務をいう。）を行うために直接必要となる共同利用施設（当該流通業務の効率化に著しく資するものとして大蔵省令で定めるものに限る。）に含まれる建物及びその附属設備とする。
第28条の14を第28条の15とし、
第28条の13を第28条の14とし、
第28条の12の次に次の１条を加える。
（特定の拠点地区における産業業務施設の特別償却の適用期間等）
第28条の13 法第44条の９第１項に規定する政令で定める期間は、同項に規定する拠点地区（以下この項において「特定の拠点地区」という。）に係る地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律第６条第１項の基本計画（以下この項において「基本計画」という。）につき同条第６項の承認のあつた日（同法第７条第１項の承認（以下この項において「変更の承認」という。）に係る基本計画において新たに特定の拠点地区に該当することとなつた区域については、当該変更の承認があつた日）から５年間とする。ただし、当該５年間の期間内に変更の承認に係る基本計画において特定の拠点地区に該当しないこととなつた区域については、当該５年間の期間の初日から当該変更の承認のあつた日までの期間とする。
２ 法第44条の９第１項に規定する政令で定める規模のものは、一の建物及びその附属設備の取得価額（法人税法施行令第54条第１項各号の規定により計算した取得価額をいう。）が２億円以上の建物及びその附属設備とする。
第29条の７を第29条の８とし、
第29条の４から第29条の６までを１条ずつ繰り下げ、
第29条の３第７項に次の１号を加え、同条を第29条の４とする。
3．地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律第８条第１項に規定する承認基本計画において定められた同法第６条第２項第２号の拠点地区のうち最近の国勢調査の結果による人口集中地区の区域（前号に掲げる区域に該当する区域を除く。）
第29条の２の次に次の１条を加える。
（特定対内投資事業用資産の割増償却）
第29条の３ 法第46条の３第１項に規定する政令で定めるものは、１台又は一基の取得価額（法人税法施行令第54条第１項各号の規定により計算した取得価額をいう。）が240万円以上の機械及び装置並びに事務所用、工場用、作業場用、研究所用、店舗用又は倉庫用の建物及びその附属設備とする。
２ 法第46条の３第２項に規定する政令で定める期間は、輸入の促進及び対内投資事業の円滑化に関する臨時措置法（平成４年法律第22号）第２条第６項の認定（以下この条において「認定」という。）を受けた日から同項第３号に規定する期間の末日（当該認定が期限を定めて行われた場合には、当該期限の到来する日）までの期間とする。
３ 法人が、その取得又は製作若しくは建設をした機械及び装置並びに建物及びその附属設備につき法第46条の３第１項の規定の適用を受ける場合には、当該機械及び装置並びに建物及びその附属設備につき同項の規定の適用を受ける最初の事業年度の法人税法第２条第31号に規定する確定申告書に認定に係る書類の写しを添付しなければならない。
第34条第１項中
「第３項、」を「第３項並びに」に改め、
「並びに法第66条の13第１項」を削る。
第38条の３第11項第４号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改め、
同項第９号中
「公害防止事業団の公害防止事業団法第18条第１項第５号」を「環境事業団の環境事業団法第18条第１項第６号」に改める。
第38条の４第12項第１号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改め、
同条第13項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同条第17項第１号中
「第29条の３第３項第４号」を「第29条の４第３項第４号」に改める。
第38条の５第５項第１号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改める。
第38条の６第14項中
「及び法第66条の13」を削る。
第39条の５第12項第２号中
「次号」を「第４号」に改め、
同項第３号を同項第４号とし、
同項第２号の次に次の１号を加える。
3．廃棄物の処理及び清掃に関する法律第２条第４項に規定する産業廃棄物の広域的な処理が必要であると認められる地域における当該産業廃棄物の広域的かつ適正な処理を図るために設置される環境事業団法第18条第１項第４号に規定する最終処分場又は同号に規定する政令で定める施設
第39条の５第13項第３号中
「公害防止事業団」を「環境事業団」に改める。
第39条の７第３項中
「第18項」を「第19項」に改め、
同条第６項第５号中
「公害防止事業団が、公害防止事業団法」を「環境事業団が、環境事業団法」に改め、
同条第37項を同条第38項とし、
同条第36項を同条第37項とし、
同条第35項第１号中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項第２号中
「資産」の下に「又は同表の第11号の下欄に掲げる資産」を加え、
同項を同条第36項とし、
同条第34項中
「第31項及び第32項」を「第32項及び第33項」に改め、
同項を同条第35項とし、
同条第33項を同条第34項とし、
同条第32項中
「第17号」を「第18号」に改め、
同項を同条第33項とし、
同条第26項から第31項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第25項第１号中
「第29項」を「第30項」に、
「第30項」を「第31項」に改め、
同項を同条第26項とし、
同条第24項を同条第25項とし、
同条第23項を同条第24項とし、
同条第22項第４号中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項を同条第23項とし、
同条第21項中
「第17号」を「第18号」に改め、
同項を同条第22項とし、
同条第20項中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項を同条第21項とし、
同条第19項中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項を同条第20項とし、
同条第18項中
「第16号」を「第17号」に改め、
同項を同条第19項とし、
同条第17項中
「第14号」を「第15号」に改め、
同項を同条第18項とし、
同条第16項中
「第14号」を「第15号」に改め、
同項を同条第17項とし、
同条第15項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項を同条第16項とし、
同条第14項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項第１号中
「又は当該土地等の取得に伴い取得（建設及び製作を含む。）をされる建物、構築物若しくは機械及び装置で当該土地等において事業の用に供されるもの」を削り、
同項第２号中
「減価償却資産（前号に掲げる減価償却資産を除く。）」を「建物（その附属設備を含む。）、構築物又は機械及び装置」に改め、
同項を同条第15項とし、
同条第13項中
「第13号」を「第14号」に、
「第11項」を「第12項」に改め、
同項を同条第14項とし、
同条第12項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項を同条第13項とし、
同条第11項中
「第13号」を「第14号」に改め、
同項第１号中
「第15項」を「第16項」に改め、
同項を同条第12項とし、
同条第10項中
「第12号」を「第13号」に改め、
同項第２号中
「第29条の３第３項第４号」を「第29条の４第３項第４号」に、
「第17項」を「第18項」に改め、
同項を同条第11項とし、
同条第９項中
「第11号」を「第12号」に改め、
同項を同条第10項とし、
同条第８項の次に次の１項を加える。
９ 法第65条の７第１項の表の第11号の上欄のイに規定する政令で定める事務所又は研究所の移転は、同欄のイに規定する過度集積地域内の事務所又は研究所の全部又は一部の廃止に伴う事務所又は研究所（当該廃止した事務所又は研究所と同規模のものとして大蔵省令で定めるものに限る。）の同欄のイに規定する拠点地区内における新設又は増設とし、同欄のロに規定する公共の用途に供されるための土地等の譲渡として政令で定める土地等の譲渡は、前項各号に掲げる土地等の譲渡とする。
第39条の15第１項第１号及び第７項中
「第18号」を「第19号」に改める。
第39条の22第３項中
「第66条の11第１項第４号」を「第66条の11第１項第５号」に改め、
同項に次の３号を加える。
18．農業協同組合合併助成法（昭和36年法律第48号）第６条第１項に規定する推進法人が行う同法第７条第１号から第４号までに掲げる業務又は同法第12条に規定する支援法人が行う同法第13条第１号から第３号までに掲げる業務
19．産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律第16条第１項に規定する振興財団が行う同法第17条第１号から第８号までに掲げる業務
20．産業廃棄物の処理に係る特定施設の整備の促進に関する法律第２条第３項に規定する特定周辺整備地区の施設整備に関する業務
第39条の22第４項中
「第66条の11第１項第４号」を「第66条の11第１項第５号」に改める。
第39条の23の見出し中
「特定の事業者の設備廃棄により生ずる損失に係る」を削る。
第39条の24を次のように改める。
第39条の24 法第66条の13第１項に規定する政令で定める日は、次の各号に掲げる法人の区分に応じ、当該各号に定める日（当該法人がその日前に国内において事業を実質的に営んでいた場合として大蔵省令で定める場合に該当するときは、大蔵省令で定める日）とする。
1．内国法人 設立の日（合併により設立された法人にあつては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日）
2．法人税法第２条第４号に規定する外国法人 同法第141条第１号に掲げる外国法人に該当することとなつた日
２ 法第66条の13第１項に規定する政令で定める欠損金額は、当該事業年度の法人税法第２条第20号に規定する欠損金額から当該事業年度の法第66条の12第１項に規定する設備廃棄による欠損金額を控除した金額とする。
３ 法第66条の13第１項の規定の適用を受ける法人の同項に規定する特例欠損金額（以下この項において「特例欠損金額」という。）の生じた事業年度後の各事業年度の所得の金額を計算する場合において、当該所得の金額の計算上法人税法第57条第１項の規定により損金の額に算入される前事業年度以前の同一事業年度において生じた同項の欠損金額（以下この項において「繰越欠損金額」という。）のうちに特例欠損金額と法第63条の２第５項の規定により欠損金額とみなされた金額（以下この項において「みなし欠損金額」という。）とがあるときは、当該事業年度の益金の額から控除する繰越欠損金額は、まず当該みなし欠損金額から成るものとする。
第42条の９第５項中
「公害防止事業団法」を「環境事業団法」に改める。
