内閣は、農用地整備公団法（昭和49年法律第43号）第27条第１項及び第２項並びに附則第19条の規定によりなおその効力を有するものとされる農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和63年法律第44号）による改正前の農用地整備公団法第27条第１項から第３項までの規定に基づき、この政令を制定する。
第13条第１項中
「法第27条第１項」の下に「に規定する業務についての同項」を、
「次に掲げる額」の下に「（当該業務に要する費用の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合にあつては、次に掲げる額に当該消費税に相当する額を加えて得た額）」を加え、
同項第１号中
「費用の額」の下に「（当該費用の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合にあつては、当該費用の額から当該消費税に相当する額を除いて得た額。以下この項及び次項各号において同じ。）」を加え、
同条第２項中
「次に掲げる額」の下に「（当該業務に要する費用の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合にあつては、次に掲げる額に当該消費税に相当する額を加えて得た額）」を加える。
第14条第２項中
「前項」を「第１項」に改め、
同項を同条第３項とし、
同条第１項の次に次の１項を加える。
２ 前項の規定にかかわらず、同項の負担金の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合における当該消費税に相当する額に応ずる負担金の部分については、公団が消費税を納めるべき各年度に応じて農林水産大臣の定める支払の方法により支払わせるものとする。
第15条第２項中
「前項」を「第１項」に改め、
同項を同条第３項とし、
同条第１項の次に次の１項を加える。
２ 前項の規定にかかわらず、同項の負担金の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合における当該消費税に相当する額に応ずる負担金の部分については、前条第２項の規定により農林水産大臣が定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとする。
附則第９条第３項中
「及び第２項」を「及び第３項」に改める。
附則第11条に次の２項を加える。
２ 旧法第27条第１項に規定する事業又は業務のうちその要する費用の額に公団が納める義務がある消費税に相当する額（以下「公団の消費税相当額」という。）が含まれるものにつき同項の規定により都道府県に負担させる負担金の額は、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる整備令第１条の規定による改正前の第13条の規定にかかわらず、次に掲げる額を合計して得た額とする。
1．公団の消費税相当額
2．当該事業又は業務に要する費用の額から公団の消費税相当額を控除して得た額を当該事業又は業務に要する費用の額とみなして、整備令第１条の規定による改正前の第13条の規定の例により算定される負担金の額
３ 前項に規定する事業又は業務に係る次に掲げる負担金のうち公団の消費税相当額に応ずる負担金の部分の支払方法については、それぞれ、第１項の規定によりなおその効力を有するものとされる整備令第１条の規定による改正前の第14条第１項、第15条第１項又は第16条の規定にかかわらず、農林水産大臣が別に定める。
1．旧法第27条第１項の規定により都道府県に負担させる負担金
2．旧法第27条第２項の規定により都道府県が徴収する負担金
3．旧法第27条第３項の規定により市町村に負担させる負担金
