内閣は、土地改良法（昭和24年法律第195号）第85条第１項、第85条の２第１項、第85条の３第１項及び第６項、第90条第１項、第２項及び第５項並びに第126条の規定に基づき、この政令を制定する。
第50条第１項中
「又は第３項」を「、第３項又は第４項」に改め、
同項第１号中
「受けていない土地を受益地とするもの」を「受けていない土地を受益地とする農業用用排水施設の新設、管理若しくは変更（当該新設、管理又は変更に係る農業用用排水施設の変更を含む。）を目的とするもの」に改め、
同条第２項中
「又は第３号に掲げる事業及びこれと併せて行う第４号に掲げる事業」を削り、
第３号及び第４号を削り、
同条中
第６項を第７項とし、
第３項から第５項までを１項ずつ繰り下げ、
同条第２項の次に次の１項を加える。
３ 本第85条第１項又は法第85条の２第１項の規定により都道府県が特定地域土地改良総合整備計画（地勢等の地理的条件が悪く、農業の生産条件が不利な地域であり、かつ、二以上の土地改良事業を総合的かつ集中的に施行することによりその区域内における農業経営の合理化に寄与することが明らかである地域についての当該二以上の土地改良事業の施行に関する計画であつて、農林水産大臣が定める基準に適合するものをいう。以下同じ。）に従つて土地改良事業を行うべきことを申請する場合には、これらの土地改良事業は、農業用用排水施設、農業用道路その他農用地の保全若しくは利用上必要な施設の新設、廃止若しくは変更、区画整理、農用地の造成又は客土、暗きよ排水その他農用地の改良若しくは保全のため必要な事業のいずれかに該当し、かつ、これらの土地改良事業に係る受益地の地積の合計がおおむね60ヘクタール以上となるものでなければならない。
第50条の２の２第３項中
「第50条第５項び第６項」を「第50条第６項及び第７項」に改める。
第52条第１項中
「当該国営土地改良事業」の下に「に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合には、当該消費税に相当する額を加えるほか、当該国営土地改良事業」を加え、
「額をこれらの額に加えて得た額」を「額（国が納める義務がある消費税に相当する額を除く。）を加える」に改め、
同項第１号中
「当該事業につき」を「当該事業に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合には、当該消費税に相当する額を除くほか、当該事業につき」に、
「額を当該事業に要する費用の額から除いた額」を「額（国が納める義務がある消費税に相当する額を除く。）を除く」に、
「100分の40」を「100分の45」に改め、
同条第２項中
「当該国営土地改良事業」の下に「に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合には、当該消費税に相当する額を加えるほか、当該国営土地改良事業」を加え、
「額をこれらの額に加えて得た額」を「額（国が納める義務がある消費税に相当する額を除く。）を加える。」に改め、
同項第１号中
「100分の42」を「100分の47」に改める。
第52条の２第１項及び第３項に次のただし書を加える。
ただし、当該国営土地改良事業に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合における当該消費税に相当する額に応ずる負担金の部分については、国が消費税を納めるべき各年度に応じて農林水産大臣の定める支払の方法により支払わせるものとする。
第53条第１項に次のただし書を加える。
ただし、当該国営土地改良事業に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合における当該消費税に相当する額に応ずる負担金の部分については、前条第１項ただし書又は第３項ただし書の規定により農林水産大臣が定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとする。
第53条の４第１項に次のただし書を加える。
ただし、当該国営土地改良事業に要する費用の額に国が納める義務がある消費税に相当する額が含まれる場合における当該消費税に相当する額に応ずる負担金の部分については、第52条の２第１項ただし書又は第３項ただし書の規定により農林水産大臣が定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとする。
第78条第２項第２号中
「（次号に規定するものを除く。）」を削り、
同項第２号の２中
「総合土地改良計画」を「特定地域土地改良総合整備計画」に改め、
「（第50条第２項第３号に掲げる事業及びこれと併せて行う同項第４号に掲げる事業に限る。）」を削り、
同項第３号中
「行うもの」の下に「（前号に規定するものを除く。）」を加え、
同項第８号中
「（次号に規定するものを除く。）」を削り、
同項第８号の２中
「又は前条各号に掲げる者」を削り、
「総合土地改良計画」を「特定地域土地改良総合整備計画」に改め、
「（農用地の造成であつて農林水産大臣が受益地の地積等を勘案して定める基準に該当するもの及びこれと併せて行う事業に限る。）」を削り、
「100分の50」を「100分の60」に改め、
同項第９号中
「該当するもの」の下に「及び前号に規定するもの」を加える。
附則第２項中
「用水施設の新設若しくは変更」の下に「、区画整理、客土若しくは暗きよ排水」を加え、
「平成２年３月31日」を「平成５年３月31日」に改める。
附則第３項中
「区画整理であつて、おおむね20ヘクタール以上の地積にわたる土地を受益地とするもののうち、その事業の施行によりその施行に係る地域内の農用地の利用関係の改善に寄与することが明らかなもの」を「次に掲げる土地改良事業」に改め、
同項に次の各号を加える。
1．区画整理であつて、おおむね20ヘクタール以上の地積にわたる土地を受益地とするもののうち、その事業の施行によりその施行に係る地域内の農用地の利用関係の改善に寄与することが明らかなもの
2．農業用用排水施設若しくは農業用道路の新設、廃止若しくは変更、客土又は暗きよ排水であつて、おおむね20ヘクタール以上の地積にわたる土地（区画整理が施行された地域内の土地であつて、農林水産大臣が定める基準に該当するものに限る。）を受益地とするもののうち、その事業の施行によりその施行に係る地域内の農用地の利用関係の改善に寄与することが明らかなもの
3．農業用用排水施設若しくは農業用道路の新設、廃止若しくは変更、区画整理、農用地の造成、客土又は暗きよ排水であつて、前号に掲げる事業と併せてその事業を行うことによりこれらの土地改良事業の効率が著しく高められ、かつ、その事業によりその施行に係る地域内の土地における農業経営者の合理化に寄与することが明らかなもの
附則第５項の表第52条第１項第１号の項中
「100分の40」を「100分の45」に、
「指定排水事業等及び」を「指定小規模用水工事（小規模の農業用の用水施設の新設、廃止又は変更の工事で農林水産大臣の指定するものをいう。以下同じ。）を含む事業（指定変更事業を除く。以下「北海道特定事業」という。）、指定排水事業等及び」に、
「指定排水事業等のうち」を「田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする北海道特定事業にあつては、指定小規模用水工事に係る費用に相当する部分については100分の45に相当する額、指定小規模用水工事以外の工事に係る費用に相当する部分については当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の15（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含むものにあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分のうち当該ため池の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の10）に相当する額、指定排水事業等のうち」に改め、
同表第52条第２項第１号の項中
「100分の42」を「100分の47」に、
「指定排水事業等を」を「北海道特定事業及び指定排水事業等を」に、
「指定排水事業等に」を「田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする北海道特定事業にあつては、指定小規模用水工事に係る費用に相当する部分については100分の47に相当する額、指定小規模用水工事以外の工事に係る費用に相当する部分については当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の16（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含むものにあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分のうち当該ため池の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の11）に相当する額、指定排水事業等に」に改める。
附則第６項を次のように改める。
６ 離島の地域内において行う国営土地改良事業についての第52条第１項第１号及び第２項第１号の規定の適用については、当分の間、次の表の上欄に掲げる規定中の字句で同表の中欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
| 第52条第１項第１号 | 100分の45 | 100分の30 |
| 100分の25に相当する額を下らない範囲内で農林水産大臣が定める額 | 100分の20に相当する額を下らない範囲内で農林水産大臣が定める額（田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする事業（指定小規模用水工事（小規模の農業用の用水施設の新設、廃止又は変更の工事で農林水産大臣の指定するものをいう。以下同じ。）を含む事業（以下「離島特定事業」という。）を除く。）にあつては、当該事業に要する費用の額のうち当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の15（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含む事業にあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の10）に相当する額、田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする離島特定事業にあつては、指定小規模用水工事に係る費用に相当する部分については100分の45に相当する額、指定小規模用水工事以外の工事に係る費用に相当する部分については当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の15（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含むものにあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分のうち当該ため池の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の10）に相当する額） |
| 第52条第２項第１号 | 100分の47 | 100分の31 |
| 100分の26に相当する額を下らない範囲内で農林水産大臣が定める額 | 100分の21に相当する額を下らない範囲内で農林水産大臣が定める額（田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする事業（離島特定事業を除く。）にあつては、当該事業に要する費用の額のうち当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の16（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含む事業にあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分のうち当該ため池の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の11）相当する額、田以外の農用地をその受益地の全部又は一部とする離島特定事業にあつては、指定小規模用水工事に係る費用に相当する部分については100分の47に相当する額、指定小規模用水工事以外の工事に係る費用に相当する部分については当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の16（ため池の新設、廃止又は変更の工事を含むものにあつては、当該田以外の農用地の工事に係る費用に相当する部分のうち当該ため池の工事に係る費用に相当する部分に限り100分の11）に相当する額） |
附則第９項の表沖縄県の項中
」を「
| 第78条第２項第１号 | 別表第１ | 別表第９ |
| 第78条第２項第２号の２ | 100分の60 | 100分の75 |
」に、
」を「
| 第78条第２項第８号 | 100分の45 | 100分の75 |
| 第78条第２項第８号の２ | 100分の60 | 100分の75 |
」に改め、
同表奄美群島の項中
」を「
| 第78条第２項第１号 | 別表第１ | 別表第13 |
| 第78条第２項第２号の２ | 100分の60 | 100分の75 |
」に、
」を「
| 第78条第２項第８号 | 100分の45 | 100分の60 |
| 第78条第２項第８号の２ | 100分の60 | 100分の75 |
」に改め、
同表離島の項中
」を「
| 第78条第２項第１号 | 別表第１ | 別表第16 |
| 第78条第２項第２号の２ | 100分の60 | 100分の65 |
」に、
」を「
| 第78条第２項第８号 | 100分の45 | 100分の50 |
| 第78条第２項第８号の２ | 100分の60 | 100分の65 |
」に改める。
附則第11項中
「100分の45」を「100分の50」（附則第３項第１号に掲げる事業にあつては、100分の45）」に改める。
附則第15項中
「平成元年度」を「平成４年度」に改める。
附則第20項の表第52条第１項第１号の項中
」を「
」に改め、
同表第52条第２項第１号の項中
」を「
」に改める。
附則第21項中
「、第４号」の下に「、第８号の２」を、
「同項第２号の２」の下に「及び第８号の２」を加える。
附則22項の表附則第５項の表の下欄の項中
」を「
| 100分の11 | 100分の26 |
| 100分の47 | 100分の50 |
」に改め、
同表附則第６項の項を次のように改める。
| 附則第６項の表の下欄 | 100分の30 | 100分の40 |
| 100分の20 | ３分の１ |
| 100分の15 | 100分の30 |
| 100分の10 | 100分の25 |
| 100分の45 | 100分の50 |
| 100分の31 | 100分の41 |
| 100分の21 | 100分の34 |
| 100分の16 | 100分の31 |
| 100分の11 | 100分の26 |
| 100分の47 | 100分の50 |
附則第23項中
「（附則第15項の規定については、平成元年度）」を削り、
同項の表附則第９項の表の項を次のように改める。
| 附則第９項の表の第４欄 | 100分の60 | 100分の52 |
| 100分の75 | ３分の２ |
| 100分の65 | 100分の55 |
附則第34項中
「平成元年度」を「平成４年度」に改める。
別表第１の五の項中
(十四)を(十五)とし、
(十三)を(十四)とし、
(十二)を(十三)とし、
(十一)の次に次のように加える。
| (十二) 第51条第１項第５号の２に掲げる事業の工事であつて、農林水産大臣が当該工事に係る技術の内容等を勘案して定める基準に該当するものに要する事業費（この項の(十)及び(十一)に掲げるものを除く。） |
別表第１の六の項の(五)中
「及び(十一)並びに」を「から(十二)まで及び」に改める。
別表第７の六の項中
(十一)を(十二)とし、
(十)を(十一)とし、
(九)を(十)とし、
(八)を(九)とし、
(七)の次に次のように加える。
| (八) 第50条第１項第５号の２に掲げる事業であつて、農林水産大臣が当該事業の施行後における農用地の区画の地積等を勘案して定める基準に該当するものに要する事業費（この項の(七)に掲げるものを除く。） |
別表第７の七の項の(九)中
「六の項の(十)」を「六の項の(十一)」に改め、
同表の八の項(二)中
「及び(八)並びに」を「から(九)まで及び」に改める。
