（業務の特例等）
第13条 機構は、日本鉄道建設公団法（昭和39年法律第３号）第19条第１項第１号に規定する新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業の円滑な実施に資するため、当分の間、第20条に規定する業務のほか、日本鉄道建設公団に対し、当該事業に要する費用（当該事業に係る借入れに係る債務の償還び当該債務に係る利子の支払に要する費用含む。）に充てる資金の一部について、政令で定めるところにより、交付金を交付する業務（これに附帯する業務を含む。）を行うことができる。
２ 前項の規定により同項に規定する業務が行われる場合には、第43条第３号中「第20条」とあるのは、「第20条及び附則第13条第１項」とする。
３ 日本鉄道建設公団は、第１項の交付金の交付を受けて同項の事業を行つた場合において、政令で定めるところにより算定される当該事業に係る剰余金を生じたときに、当該剰余金の額に相当する金額の納付金を機構に納付しなければならない。
（貸付料の年額等の基準の特例）
第14条 各旅客鉄道株式会社に対する第21条第２項の貸付料の年額は、当分の間、第22条第１項及び第２項の規定にかかわらず、次項及び第３項に定めるところによるものとする。この場合には、第23条第１項中「前条第１項及び第２項」とあるのは「附則第14条第２項及び第３項」と、同条第２項中「前条第１項及び第２項の基準又は同条第３項」とあるのは「附則第14条第２項及び第３項の基準又は前条第３項」と、第40条第２号中「第22条」とあるのは「第22条第３項」と、「又は第36条」とあるは「、第36条又は附則第14条第３項第２号から第４号まで」とする。
２ 前項の貸付料の年額は、機構が定める貸付料の概算総計年額を、新幹線鉄道に係る旅客鉄道事業の収益の見通し、新幹線鉄道に係る鉄道施設の価額、前条第１項の事業による鉄道施設の建設が新幹線鉄道に係る旅客鉄道事業の経営に与える影響等を勘案して運輸大臣が各旅客鉄道株式会社ごとに定める割合により配分した額を基準として定めるものとする。
３ 前項の貸付料の概算総計年額は、第２号から第４号までに掲げる額の合計額（第２号に掲げる額が第１号に掲げる額を超える場合には、第２号及び第４号に掲げる額の合計額）を基準として定めるものとする。
1．第22条第２項の規定により機構の成立後最初に定められた貸付料の概算総計年額のうち機構の債務の償還及び当該債務に係る利子の支払に係る部分として算定された額
2．第21条第２項の貸付期間内の各年において機構の業務に要する費用の額のうちその債務（第４号に規定する費用に係るものを除く。）の償還及び当該債務に係る利子の支払に係る部分として運輸省令で定める方法により算定した額
3．前条第１項の事業の実施期間等を考慮して運輸省令で定める期間内の各年について、第１号に掲げる額から前号に掲げる額を減じて得た額の範囲内で、当該期間内に同項に規定する業務に要すると見込まれる費用の額を勘案して運輸大臣が大蔵大臣と協議して定める額
4．第21条第２項の貸付期間内の各年において機構の業務に要する費用の額のうち当該貸付けに係るすべての鉄道施設に関する租税公課、管理費、大規模災害復旧工事に係る費用その他の運輸省令で定める費用の支払に係る部分として運輸省令で定める方法により算定した額
４ 運輸大臣は、第２項の割合を定め、又は変更しようとするときは、各旅客鉄道株式会社の意見を聴くとともに、大蔵大臣に協議しなければならない。
